中國中醫科學院中藥研究所始建于1955年，是我國最早成立的一所中藥研究國家級專門機構，自1983年起被確認為世界衛生組織傳統醫學合作中心。

中藥研究所屠呦呦研究員由于發現青蒿素2011年被授予拉斯克臨床醫學研究獎，2015年獲得諾貝爾生理學或醫學獎，2016年獲得國家最高科學技術獎，2019年獲得“共和國勛章”。“胸懷祖國、敢于擔當，團結協作、傳承創新，情系蒼生、淡泊名利，增強自信、勇攀高峰”的青蒿素精神，不僅是以屠呦呦研究員為代表的一代代中醫藥工作者精神特質的高度凝練，更是中醫藥行業共同的精神引領和價值追求。

中藥研究所擁有道地藥材品質保障與資源持續利用全國重點實驗室、中藥質量控制技術國家工程實驗室。擁有本草學、臨床中藥學、中藥資源學、中藥資源生態學、分子生藥學、中藥鑒定學、中藥化學、中藥化學生物學、中藥分析學、中藥藥劑學、中藥藥理學、中藥毒理學等12個國家中醫藥管理局高水平重點學科及國家級傳承基地—中藥炮制學。設有16個研究中心。擁有中國中醫科學院中藥資源中心、中國中醫科學院青蒿素研究中心2個掛靠管理單位。構建了完善的中藥基礎和應用基礎研究、中藥新藥研發的研究體系和技術平臺。

設有中藥學碩士研究生、博士研究生培養點，是中國中醫科學院博士后科研流動站的培養單位。